二酸化塩素は、分子的には反応性の高いラジカルとして作用するため、細菌やウイルスなどあらゆる微生物に対して有効に作用します。
微生物の９９％以上は、生物膜と呼ばれるネバネバとした物質で作られた巣の中で生活しており、このような「微生物の巣」は、消毒剤などから細菌を守る防護壁として機能しています。
二酸化塩素は、塩素に比べてこの種の防護壁への浸透性が高いとされており、そのため、生物膜が形成されやすい循環設備を使用する冷却塔・温浴施設・給水設備などでは、欧米を中心に二酸化塩素による消毒が広く行われています。

塩素管理を適切に行っているにもかかわらず、時々レジオネラ菌が検出される。これは、高い確率で設 備に何らかの問題が発生しています。
アクアクリーナーは５０ｔ～１０００ｔまでの大容量の水を１ppmの二酸化塩素濃度で処理できるように設計されており、一気に高濃度の二酸化塩素で処理したい時に最適です。
特に濾過器の再生などの用途で使用すると効果的です。
通常の過酸化水素などを用いた処理では、界面活性剤を併用することが多く、すすぎ行程などで時間をとられてしまいますが、アクアクリーナーには界面活性剤がいっさい入っていないため、比較的短時間で作業を行うことができます。